Di pondok ini, ada program pembelajaran dengan sistem halaqoh (liqo). Sistem ini bertujuan agar santri lebih terkontrol dalam proses sekaligus hasil pembelajaran santri. Teknis pembelajaran halaqoh Qur’an yaitu santri terbagi menjadi beberapa kelompok -yang diketuai oleh Mudabbir dari kalangan santri- yang disesuaikan dengan usia atau tingkat kemampuan santri.

Sebelum Mudabbir membimbing anggotanya, Mudabbir sudah terlebih dahulu mendapatkan materi halaqoh sekaligus menerima arahan dari pembina (ustadz/ah) terkait halaqoh. Materi halaqoh Qur’an yaitu ilmu Tajwid Dasar, Matan Tuhfatul Atfal dan yang lainnya.